Необходимо чётко разграничивать два понятия Туроператор и Турагентство.
Туристический Оператор - это фирма, которая непосредственно создает туры (готовый туристический продукт) и предлагает их к продаже Агентствам. Оператор формирует цены на туры, бронирует гостиницы, обеспечивает перевозку (трансфер) для клиента, фрахтует самолеты (чартеры), или выкупает места на самолетах, страхует клиентов. Оператор выписывает все документы для клиентов: ваучеры на трансфер, ваучеры на заселение в отель, билеты на самолет, страховые полисы. Курьер оператора заносит документы туристов в консульство для оформления визы.

Туристическое Агентство - это фирма, занимающаяся розничной продажей туров клиентам. Основная задача Агентства — это работа с частным клиентом. Клиент обслуживается менеджером Агентства, в главные задачи которого входит помочь выбрать клиенту тур исходя из его запросов и пожеланий, предоставить правдивую и полную информацию по туру, забронировать тур и оплатить его туроператору, подготовить нужные документы.

Для туроператоров является ОБЯЗАТЕЛЬНЫМ занесение в реестр. Для турагентств нет.

Большинство работающих и зарегестрированных как ООО паломнических служб работают как туроператоры, для это нет необходимости занесение в реестр, тем более что для этого требуется наличие большого страхового взноса, на случай разорения, например.
Для турагентств сейчас даже нет необходимости открытия лицензии, её отменили 2 года назад. Так что в принципе сейчас только ленивый не сможет заниматься турдеятельностью, организицией паломнических поездок. Ведь, смотря что Вы будете декларировать.....


Для туроператоров

Есть два варианта:
1. Паломническая служба по своему юридическому статусу является коммерческой организацией (ООО, ЗАО, ОАО, ИП и т.д.). В этом случае они могут ДОБРОВОЛЬНО подать сведения для внесения в Федеральный Реестр Туроператоров. Им это необходимо, если они отправляют большие группы за рубеж или хотят получить визовую аккредитацию при каком-нибудь посольстве. Если же служба попросту возит паломников по России, то во внесении в Реестр нет особой необходимости.
2. Паломническая служба создана как обособленное подразделение без прав юридического лица при храме или епархиальной структуре - религиозной организации. В этом случае она руководствуется совсем другим законом - "О свободе совести и о религиозных объединениях" , и чихать ей на все туристичекие законы и нормы, в том числе и на всякие реестры.

Я имею в виду, что с одной стороны, Вы пишите, что
А с другой стороны

По моему, логическое противоречие ...

Административной ответственности за сие деяние не предусмотрено. А до уголовки явно не дотягивает...

Думаю, что не те масштабы "незаконности" и не те обороты, чтобы из этого раздувалась какая-то проблема на юридическом уровне.
Сейчас пол-страны незаконно что-то делает
Любая "шабашка" без декларирования доходов - уже незаконно

Ну а если пытаться всё делать "честно-законно", то это чревато банкротством ?

Если по загранице работаем с Покровом или Радонежем как агенты, то по России, мы - туроператоры (де-факто). Даже если и есть принимающая сторона, транспорт, страховка - наше дело.