1. ...что считать одной святыней...
Хороший вопрос. По идее святыней всё-таки надо считать монастырь. Но при этом если кто-то например посетил это место и хочет дополнить то, что автор описания достопримечательности упустил, ему надо дать такую возможность. Не стоит разрешать вносить изменения в авторский текст (моё личное мнение). Но возможно стоит разрешить делать какие-то комментарии, причём с фотографиями.

2. Какова вероятность того, что двое разных пользователей введут дважды одну и ту же святыню, только под разными названиями ?  
А вот здесь без работы модератора обойтись не получится. Отследить это на программном уровне вряд ли возможно. Можно конечно все достопримечательности вводить с координатами и показом их на карте. И в программу забить ограничение, скажем один километр, на максимальное приближение одной точки к другой. Но это малореально. К тому же один человек может ввести координаты и точку на карте скажем восточного входа в монастырь, а другой человек западного входа. И всё. Формально программа сочтёт это разными достопримечательностями, а фактически это одно и тоже место. Так что вряд ли здесь получится без модератора. Конечно ему надо помогать. Когда кто-то видит такое "накладывание" достопримечательностей друг на друга он должен сразу "стукануть" куда надо, чтобы это поправили.

3. Всем ли пользователям давать возможность вводить свои святыни ? Или тем, кто является пользователями со стажем ? (например, уже ввели более 100 сообщений на форуме) Или как ?
Вот например у меня есть желание поделиться с вами тем, что я знаю. А вы меня ограничиваете, ведь 100 сообщений у меня нет. У меня остаётся три возможных варианта действий.
Первое : грузить админа совей информацией и пусть он сам всё обрабатывает и выкладывает, это мол его личные проблеммы.
Второе : за полчаса нафлудить сотню бредовых сообщений.
Третье : положить на всё большой железный болт и поделиться информацией на каком-нибудь другом менее забюрократизированном сайте.

Вообще то пока "Святых мест" немного, их ещё можно найти, хотя и тяжеловато. А если сайт не загнётся и будет развиваться? Надеюсь, что админы в этом заинтересованы. Пунктов в разделе "Святые места" будет много и найти там что то будет просто невозможно. Особенно учитывая, что одно и то же место может иметь несколько названий  : Троиций монастырь и Свято-Троицкий. Как найти то, что нужно? Ведь если нельзя найти то, что нужно, то любая самая огромная база данных потеряет всякий смысл. Нужна система расширенного поиска. Например :
Пункт 1.  Область. Границы епархий у нас совпадают с границами субъектов федераций и это удобно.
Пункт 2. Ближайший населённый пункт. Иногда это помогает.
Пункт 3. Название. Причём в этом пункте можно ввести три подпункта. Пользователь ставит точку в одном из трёх окошек :
окошко 1 - точное соответствие (когда он точно знает что ищет, например только вчера был на нужной старнице, но уже забыл где она), окошко 2 - частичное соответствие (посетитель ищет церковь, но не знает как она числится в базе данных, толи Троицкая, толи Свято-Троицкая, он просто набирает "ТРОИЦК" и  смотрит всё что появится), окошко 3 - по первым буквам (иногда тоже неплохо помогает).
Итак есть три пункта поиска. Посетитель может задействовать их по одному, по два, или все сразу. И ещё. Правда это не в тему, для этого есть другая ветка форума, про расположение на карте. Но карта тоже связана с поиском. Так что всё взаимосвязано. Ведь часто человек не знает ни название святыни, ни название населённого пункта рядом, а знает например, что монастырь расположен примерно в ста километрах к юго-востоку от Воронежа и всё. Поэтому было бы удобно открыть карту, подмотать нужную местность, увеличить или уменьшить до нужного масштаба и увидеть нанесённые значки святых мест. Увидел, что один из значков находится примерно в  интересующем его месте. Щёлкнул по нему. Оба на !! Открылось.

Абсолютно согласна с Денисом! И думаю, не стоит допускать ВСЕХ до размещения информации. Есть хороший раздел "Святыни всего мира" пусть пишут туда....а со временем можно будет и подразделы по епархиям добавить.