Вот здесь об этом хорошо рассказывается:
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%90%D0%BF%D0%BE%D0%BA%D1%80%D0%B8%D1%84

Думаю, дело в том, что всевозможных книг была целая куча, только потом при составлении Библии из этой кучи взяли некоторую их часть, а остальные - остались как апокрифы.

Греческое слово «Библия» («Книги») является названием комплекса сборников произведений, сложившихся в глубокой старине на месте  Азии в первую очередь в иудейско-израильской среде, в которых рассказывается догма иудаизма и христианства. Он дошел до нас в нескольких переизданиях. Состав Библии, канонизированный иудейскими  властями в конце I—II в. н. э., не совпадает с ее составом, каким он был в III в. до н. э., т. е. в то время, когда был сделан перевод Библии на греческий язык — Септуагинта. Вот так вот.